Se llama vegetación al conjunto de plantas que cubren la superficie terrestre: hierbas y flores, arbustos o matorrales y árboles. El clima, el relieve, el tipo de suelo, la presencia de ríos y las personas determinamos las plantas que crecen en una región.

El jardín botánico ha sido establecido en un área de vegetación natural consistente en una vegetación secundaria dominada fisonómicamente por especies espinosas como uña de gato (Mimosa sp.),  cubata (Acacia cochliacantha) y cinco negritos (Lantana camara),  otras especies como la tronadora (Tecoma stans), especies suculentas como el casahuate blanco (Ipomoea murucoides), el casahuate negro (Ipomoea pauciflora), una especie que invaden fácilmente espacios abiertos como la jarilla de monte (Dodonaea viscosa), y la palma (Brahea dulcis) especie cuya presencia y distribución dicen los investigadores se ve favorecida por el fuego. Se observan escasos individuos arbóreos posiblemente de una vegetación primaria, una mezcla de bosque espinoso y bosque tropical caducifolio. Entre las especies arbóreas se observan el Tehuistle (Acacia bilimekii), el capulincillo (Pistacia mexicana), el pirulillo o tetlate (Pseudosmodingium multifolium), el cuajiote blanco (Bursera fagaroides), el copalillo (Bursera sp.) y un solo individuo de higo de monte (Ficus sp.). Con las primeras lluvias, que a menudo ocurren desde marzo, aparecen liliáceas un tanto efímeras como Milla biflora (azucena). En la época seca del año entran en floración diversas especies de cactáceas como el nopal (Opuntia sp.), la biznaga de gancho (Ferocactus recurvus) y otras biznaguitas (Mammillaria haageana, Mammillaria sp. y Coryphanta retusa.). Durante la temporada de lluvia que va de los meses de junio a septiembre hacen sus aparición, en espacios abiertos, diversas especies herbáceas anuales y perennes como Lysianthes, Ageratina,  Asclepias y Dahlia, entre otras.

Debido a que la zona ha estado aislada por alrededor de 15 años, en la vegetación secundaria se están haciendo presentes individuos de una vegetación primaria lo cual indica un proceso de suceción de la vegetación.

Un estudio ecológico del lugar nos dará información más precisa de la composición y estructura de la vegetación del jardín.